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第1章　临床PCR技术的发展历史及趋势1

第一节　PCR的起源和耐热DNA聚合酶的应用1

一、PCR的起源1

二、耐热DNA聚合酶的应用2

第二节　PCR的基本原理3

第三节　PCR的反应动力学5

第四节　PCR扩增体系和扩增条件5

一、PCR扩增体系5

二、PCR扩增条件8

三、PCR扩增结果分析10

第五节　PCR的主要特点与发展情况11

一、主要特点11

二、发展情况12

第2章　实时荧光PCR技术的发展历程、基本原理和方法14

第一节　发展历程14

第二节　基本原理15

一、PCR扩增的理论模式15

二、实时荧光PCR的理论基础16

三、TaqMan实时荧光PCR的基本原理17

四、双链DNA交联荧光染料实时荧光PCR的基本原理19

五、双杂交探针实时荧光PCR的基本原理20

六、分子信标实时荧光PCR的基本原理21

七、蝎形探针实时荧光PCR的基本原理22

八、数字实时荧光PCR的基本原理24

第三节　引物和探针的特点25

一、引物特点26

二、探针特点26

第3章 临床PCR实验室的设计及质量管理体系的建立30

第一节　临床PCR实验室的标本接收及分区规划设计30

一、标本接收要求30

二、实验室分区设计原则及工作流程31

第二节　实验室质量管理体系的建立38

一、实验室质量管理概述38

二、实验室质量管理的特点40

三、质量体系文件的特性、作用与编写40

第三节　实验室记录管理55

一、记录的种类55

二、记录的标志55

三、记录填写要求56

四、记录的封面和目录58

五、记录保存与管理58

第四节　实验室认可与验收60

一、实验室认可60

二、实验室认可与认证的区别60

三、实验室认可与验收的关系61

第4章　PCR检验标本的采集、运送、保存及核酸提取63

第一节　标本采集、运送与保存63

一、标本采集63

二、标本运送与保存65

第二节　常见标本的处理和保存66

一、血液标本66

二、痰标本66

三、其他标本68

第三节　标本中PCR抑制物70

一、抑制物的来源及其作用机制70

二、常见抑制物的作用机制及对策71

第四节　核酸提取方法73

一、DNA提取的经典方法73

二、RNA的提取74

三、核酸提取的改良方法76

第5章 实时荧光PCR测定的数据处理85

第一节　基本概念85

第二节　实时荧光PCR外标绝对定量的数学模型87

一、基本计算公式的推导87

二、纵坐标为起始拷贝数对数值横坐标为Ct值时的数学模型88

三、纵坐标为Ct值横坐标为起始拷贝数时的数学模型88

第三节　实时荧光PCR相对定量数学模型90

一、校正曲线法90

二、2-△△Ct法90

三、2-△△Ct的改良法92

四、多重PCR法94

第四节　用曲线拟合的方法进行数据处理95

一、Liu与Saint的方法95

二、Ramakers等的方法96

三、Tichopad A等的方法96

第6章　实时荧光PCR仪及其发展98

第一节　PCR仪的发展历史及基本原理98

一、空气驱动循环PCR仪98

二、变温金属块PCR仪99

第二节　实时荧光PCR仪简介99

一、美国ABI公司的实时荧光PCR仪100

二、美国Cepheid公司的Smart Cycler实时荧光PCR仪103

三、美国Bio-Rad公司的实时荧光PCR仪103

四、美国Stratagene公司的实时荧光PCR仪105

五、Roche公司的LightCycler实时荧光PCR仪106

六、Corbert的RotorGene实时荧光PCR仪106

第三节　实时荧光PCR仪选择108

第四节　实时荧光PCR仪的使用与维护109

一、使用109

二、维护110

第7章 临床PCR检验仪器设备111

第一节　天平111

一、电子分析天平111

二、影响称量重现性的因素112

三、天平的选择113

四、维护和校准113

第二节　离心机115

一、基本原理115

二、离心力和相对离心力115

三、离心时间116

四、离心转子的选择116

五、离心管119

六、分类依据119

七、使用和维护120

第三节　微量加样器122

一、基本原理122

二、加样器的选择依据123

三、使用原则125

四、操作原则125

五、操作步骤126

六、维护与校准129

七、加样器常见故障及其排除133

第8章　PCR检验的质量保证135

第一节　概述135

一、基本概念135

二、质量保证、室内质控和室间质评的关系137

第二节　测定前质量控制138

一、实验室环境及仪器设备管理138

二、理想的试剂140

三、标准化操作程序142

四、重视人员培训143

五、主要污染源与防污染措施143

第三节　核酸样本分离纯化与质量控制146

一、分离纯化146

二、质量控制147

第四节　统计学质量控制148

一、理想的质控样本148

二、质控样本的设置、数量及排列顺序149

三、统计学质控的特点149

四、阳性样本测定重复性统计质控方法150

五、假阳性的统计质控方法156

六、室内质控数据的评价160

七、室内质控的局限性162

第五节　室间质量评价162

一、评价程序设计163

二、对测定技术的评价166

三、室间质量评价的局限性167

第9章　病毒核酸检测的标准物质170

第一节　概述170

一、基本概念170

二、标准物质种类和溯源的关系172

第二节　检测用标准物质的制备173

一、原材料选择原则和分装173

二、均匀性和稳定性174

三、定值176

四、标准物质的保存178

五、临床意义178

六、应用前景179

第10章　甲型肝炎病毒实时荧光PCR检测185

第11章 乙型肝炎病毒实时荧光PCR检测190

第一节　非变异乙型肝炎病毒检测190

第二节　变异乙型肝炎病毒检测199

一、前C1896位及BCP变异检测200

二、变异YMDD检测201

第三节　HBV cccDNA的检测203

第四节 HBV基因型的检测204

第五节 HBV RNA检测207

第六节　HBV全基因组测定208

第12章　丙型肝炎病毒实时荧光RT-PCR检测213

第一节　丙型肝炎病毒检测213

第二节　丙型肝炎病毒基因分型检测223

第13章　人免疫缺陷病毒-1实时荧光RT-PCR检测229

第14章　人乳头瘤病毒实时荧光PCR检测240

第15章 巨细胞病毒实时荧光PCR检测256

第16章 严重急性呼吸综合征冠状病毒实时荧光RT-PCR检测272

第17章　EB病毒实时荧光PCR检测291

第18章　流感病毒实时荧光RT-PCR检测299

第19章　沙眼衣原体实时荧光PCR检测313

第20章　结核杆菌实时荧光PCR检测325

第21章　淋病奈瑟菌实时荧光PCR检测338

第22章 幽门螺杆菌实时荧光PCR检测351

第23章　肺炎支原体实时荧光PCR检测363

第24章 刚地弓形虫实时荧光PCR检测369

第25章　解脲支原体实时荧光PCR检测377